屯门海战以明朝水师的胜利而告终，但是葡萄牙人并不死心，仍然在千方百计谋求占领大明的土地。大明是富庶得流油的古老大国，早在一千多年以前的汉朝，中国的丝绸就在西方世界买卖得火爆，那时候中国的丝绸是通过两条路线进入西方世界的，一条路是陆路，就是通过中国西北部的新疆，到达中亚、西亚各地，并连接地中海各国的陆上通道。西汉时张骞和东汉时班超出使西域，开辟了以长安、洛阳为起点，经甘肃、新疆，到中亚、西亚，并连接地中海各国的陆上通道。这条道路被称为“陆路丝绸之路”。这条路线遍及欧亚大陆甚至包括北非和东非在内的长途商业贸易和文化交流线路。除了上述的路线之外，还包括约于前5世纪形成的草原丝绸之路、中古初年形成、在宋代发挥巨大作用的海路丝绸之路和与西北丝绸之路同时出现、在宋初取代西北丝绸之路而成为路上交流通道的南方丝绸之路。
这条路线上，各国使者、商人、传教士等沿着张骞开通的道路，来往络绎不绝。上至王公贵族，下至乞丐狱犯，都在这条路上留下了自己的足迹。这条东西通路，将中原、西域与阿拉伯、波斯湾紧密联系在一起。经过几个世纪的不断努力，丝绸之路向西伸展到了地中海。丝路的东段已经到达了朝鲜、日本，西段至法兰西王国。通过海路还可达意大利、埃及，成为亚洲和欧洲、非洲各国经济文化交流的通道。
另一条路就是海路。海上丝路起于秦汉，兴于隋唐，盛于宋元，明初达到顶峰。海上丝路的重要起点有广州)、登州、扬州、泉州、刘家港等。规模最大的港口是广州和泉州。广州从秦汉直到唐宋一直是中国最大的商港。明朝广州又成为中国唯一对外开放的港口。泉州发端于唐，宋元时成为东方第1大港。
对于这些历史，葡萄牙人怎么会不知道呢？ 在葡萄牙人的心目中，大明是整个世界东方最古老而又最富庶的国度。当时的葡萄牙已经凭着它强大的远洋舰队征服它想占领的一切地方，只有中国这个古老的国度，葡萄牙人还没有完全试出它的深浅。屯门一战，开始葡萄牙人还取得了初战的胜利。从开始的战况来看，大明军队的装备确实跟葡萄牙商船的装备要差许多，但是不知道为什么，大明军队在第二次大战中，居然用了火攻的奇异战法让葡萄牙败得很惨。葡萄牙商船船队的领队瓦雷斯和卡尔佛二人都只知道陆战中常常出现火攻，却一万个想不到大明的将领却在海上采用火攻战法，可见古老大中华就是令人掌握不透。
就在葡萄牙人在屯门被明军大败之后的第二年即嘉靖二年4月，葡萄牙国王命令组织一支由五艘船只组成的舰队，其中包括四艘武装商船和一艘中式船只，由哥丁霍任舰队长，率领他的两个兄弟和迪奥戈与别都卢，载著一千多人和大量货物，于7月10日离开马六甲来中国，目的是打算援助被困在屯门的同伙。同来者有上年屯门战役败回的科埃略和雷戈两人，显然有报复的企图。虽然声称来与中国订立"商贸条约"，却要求在"屯门岛或其它合适处定居下来，以建立据点。
原来在哥丁霍是隶属于葡萄牙驻印度总督，他的船队有五艘大船，船上装备着数十门大型佛郎机炮，人员过千，有很强的战斗力。在来到中国前，哥丁霍已经横扫了从印度到南中国海地区的许多地方。屯门海战失败后，哥丁霍回国向葡萄牙国王曼努埃尔一世汇报说，自己到达马六甲的时候，得知在屯门的船队与中国关系恶化，但仍打算冒险前行。哥丁霍的性格不像西芒那样暴躁，他劝告部下要尽量避免与大明发生冲突行为，所以入港投锚后，立即上岸求见广东地方长官，请求许他允许葡萄牙人在大明进行和平贸易。广东地方长官置之不理，不得已，由屯门港退出，然而还是遭到大明船队的追击。
葡萄牙国王听了哥丁霍的汇报，勃然大怒，哼，我葡萄牙在世界的东西方都横冲直闯，没有那个国家敢公然作对的，他大明居然对我葡萄牙天国如此无礼，我葡萄牙不得不对你大明无礼了！于是派遣哥丁霍任舰队长，率领他的两个兄弟和迪奥戈与别都卢，以及从大明逃回来的科埃略和雷戈等人，乘坐5艘装备着数十门佛郎机火炮的大型商船前往大明兴师问罪，全体乘员都携带火绳枪以准备到时候大明后给大明一点厉害！
却说哥丁霍率领船队从马六甲出发，经过淡马锡到达中国南海，然后驶向广东沿海。船队经过屯门，一路向西草湾驶来。当船队到达西草湾的时候，哥丁霍等人隐隐约约发现前面有船队活动，哥丁霍怀疑是大明的船队在此巡海，于是命令船队放慢行驶速度。
西草湾在广东境内的新会县境内，新会县位于广东省珠江三角洲西部，潭江下游。从新会县到广州只有一百多里。哥丁霍等人的目标是打算援助被困在屯门的同伙。当哥丁霍率领船队到达西草湾的时候，船队被明军船队拦截。原来在屯门之战后，广东地方长官已经下令严禁中葡之间进行接触，一旦相遇，比如说发现悬挂佛郎机旗帜的船只，就将其击毁。因为明朝水师已经在屯门之战中积累了一定的作战经验，知道怎么样对付葡萄牙的坚船利炮，所以当葡萄牙船队出现在西草湾的时候，备倭指挥柯荣、百户王应恩率领96艘战船将葡萄牙船队团团包围起来，采取群狼战术对付葡萄牙的庞然大物。 “猛虎怕群狼”，嗜血成性的狼群令自然界里所有的庞然大物都不寒而栗。在它们的轮番围攻下，即使百兽之王也难以幸免于难。
此时备倭指挥柯荣指挥船队把葡萄牙的船队包围起来，并且保持适当距离，避开葡萄牙船上佛郎机火炮的有效射程，发挥明军广船速度快、进退自如的特点，对葡萄牙商船进行攻击。
远洋广船船长十丈以上，宽近3丈，船上有夹舱，广船特点为帆面积是当时世界上最大的，其帆面积比船只宽度更宽阔，所以它的行驶速度很快。广船头尖体长，上宽下窄，线型瘦尖底，梁拱小，甲板脊弧不高。船体的横向结构用紧密的肋骨跟隔舱板构成，纵向强度依靠龙骨等维持。广船多帆少桅，帆的面积大，超过船只宽度，因而适合于远航。二是采用“多孔舵”，减小了转舵力矩，提高了操舵效率。三是广船用材珍贵，船的主梁、横梁等都是采用东南亚珍贵木材，如铁力木（柚木）制造，坚固耐用。
由于广船具有这许多优点，所以在海战中显得很灵活，此时葡萄牙人面对庞大的明军船队，心中慌张，急忙将数十门佛郎机火炮发射，企图冲出重围。明军看到葡萄牙船队要突围，也一齐向葡萄牙船队发动猛烈攻击，好一场惊心动魄的海战，整个的西草湾海域炮火轰隆隆响得惊天动地，海面上火光闪闪。在这血与火的拼杀中，双方船只的甲板上都有人倒下，有的已经死去，有的还带着伤残在挣扎着。轰隆隆的枪炮声掩盖了受伤人员的呻吟声。
激战中，明军百户潘丁苟率先登上葡军战船，备倭指挥柯荣、百户王应恩率领部队随后跟上，活捉包括葡萄牙船队总指挥哥丁霍、副指挥别都卢在内的四十二人，斩首三十五人，俘获被葡军掳掠的男女共十人，并俘获葡军船只两艘。
但是哥丁霍的一个兄弟迪奥戈和科埃略、雷戈等人为了抢救船队领队哥丁霍和副领队别都卢，又率领残余三舰商船发动反攻，明军出乎意外，葡萄牙人将明军所俘战船烧毁，明军百户王应恩战死，葡萄牙三艘商船逃走。
一场恶战终于停下来了，海面上恢复了平静，呼呼的海风似乎在叹息。被击沉的葡萄牙“无敌号”大型商船的桅杆顶还露在海面，被缴获的葡萄牙“葡萄牙四号”大型商船的三层楼甲板上，别都卢、科埃略和雷戈等葡萄牙商船领队丧气地耷拉着脑袋，他们都知道这一次是彻底完了。他们现在后悔了，为什么葡萄牙人没有吸取屯门海战失败的教训，还在企图挽回失败？留在马六甲过着自由自在的生活该有多好？但是现在后悔已经太晚了，他们都知道等待他们的是被砍了脑袋，挂在旗杆上作为顺利的标志回到他们的营地。
经过清点战利品，西草湾一战，葡萄牙方面1艘战船被击沉，1艘战船被缴获后被葡萄牙人烧毁，77人受伤，35人阵亡，42人被俘（后全部被处决）。
在西草湾之战中，明军又缴获了20门葡萄牙人的大型佛郎机火炮、和124架火绳枪，这些大型佛郎机炮和火绳枪被送到朝廷工部军器局所属的王恭厂，进行大量仿制。此时开始，明军的装备进入了一个新阶段，佛郎机火炮成为明军的重型火炮装备在明军卫所部队中。
西草湾之战后，葡萄牙官方暂时放弃了对中国沿海的贸易追求，只得以民间私人身份，在福建和浙江沿海逐渐与沿海的中国海盗和走私商人们形成合作关系。但是大明朝廷又屡次用暴力手段强制将他们赶出沿海。而地方上又往往出于自己的利益，纵容海商与海盗进行走私贸易。由于朝廷不断加强海禁政策，这些人又不得不与葡萄牙人合作，最后甚至发展到与日本浪人合伙，形成了大明沿海日益严重的倭患。明朝朝廷不但不能依靠贸易获得税收，反而需要耗费巨资来对付沿海的倭寇势力。
